Упоминается в 1678 году в списке селений Свапского стана Рыльского уезда. С конца XVIII века Клишино входило в состав Дмитриевского уезда Курской губернии. В XIX веке Клишино было владельческой деревней. В 1862 году здесь был 81 двор, проживали 766 человек (380 мужского пола и 386 женского)[4]. К 1880 году в деревне было 89 дворов, проживали 677 человек. До 1920 годов Клишино входило в состав Киликинской волости Дмитриевского уезда Курской губернии